Edward Elric, młody i genialny alchemik, stracił wiele w ciągu swoich dwunastu lat życia: gdy on i jego brat Alphonse próbowali wskrzesić swoją zmarłą matkę za pomocą zabronionej transmutacji ludzkiej, Edward stracił zarówno brata, jak i dwie kończyny. Korzystając ze swoich mistrzowskich umiejętności alchemicznych, Edward wiąże duszę Alphonse'a z dużym pancerzem. Rok później Edward, awansowany na pełnego alchemika państwowego, wyrusza w podróż ze swoim młodszym bratem, aby zdobyć Kamień Filozoficzny. Legendarne mityczne przedmiot ma rzekomo zdolność do wielokrotnego zwiększania zdolności alchemika, co pozwala mu ominąć fundamentalne prawo alchemii: aby coś zyskać, alchemik musi poświęcić coś o równej wartości. Edward liczy na wykorzystanie zasobów wojska, aby znaleźć legendarny kamień i przywrócić swoje i Alphonse'a ciała do normy. Jednak bracia Elricowie szybko odkrywają, że legendarny kamień ma więcej do zaoferowania, niż się wydaje, ponieważ zostają wciągnięci w centrum znacznie ciemniejszej walki, niż mogli sobie wyobrazić.