Dla młodego Oza Vessaliusa, dziedzica domu hrabiowskiego Vessalius, niebezpieczny świat znany jako Otchłań to jedynie bajka, którą straszy się niegrzeczne dzieci. Jednak gdy uroczystość oznaczająca wejście Oza w wiek dojrzały zostaje przerwana przez złośliwy Klan Baskerville, który zamierza wygnać go w głąb Otchłani, dziedzic Vessaliusów zdaje sobie sprawę, że jego spokojne życie w luksusie dobiegło końca. Teraz musi stawić czoła światu Otchłani i jej mieszkańcom, potworom zwanym „Łańcuchami”, które nie są tak fikcyjne, jak kiedyś sądził. Opowiadając historię piętnastoletniego Oza, który próbuje odkryć sens dziwnych wydarzeń, które przeobraziły jego życie, Pandora Hearts opiera się na mangie fantasy o nadprzyrodzonych motywach o tym samym tytule. Przy pomocy tajemniczego Łańcucha o imieniu Alice, którego przydomek to „Zakrwawiony Czarny Królik”, oraz członków tajnej organizacji znanej jako „Pandora”, Oz zaczyna rozumieć, że jego istnienie może mieć większe znaczenie, niż kiedykolwiek sobie wyobrażał.