Po tajemniczym pożarze, który zabija jego rodzinę, Shirou zostaje uratowany i adoptowany przez Kiritsugu Emiyę, który uczy go magii oraz idei sprawiedliwości. Jednej nocy, lata po śmierci Kiritsugu, Shirou sprząta w szkole, gdy nagle znajduje się w centrum śmiertelnego starcia dwóch nadludzi znanych jako Slugi. Podczas próby ucieczki chłopiec zostaje schwytany przez jednego ze Slugów i odnosi śmiertelne obrażenia. Cudownie przeżywa, ale ten sam Slug wraca, aby dokończyć to, co zaczął. W desperacji Shirou przywołuje własnego Slugę, rycerza o imieniu Saber. Obaj muszą teraz wziąć udział w Piątej Wojnie o Święty Graal, bitwie na śmierć i życie siedmiu Slugów i magów, którzy ich przywołali, gdzie główną nagrodą jest niczym innym jak wszechmocny Święty Graal. Fate/stay night towarzyszy Shirou, gdy zmaga się z poszukiwaniem cienkiej granicy między bohaterem a zabójcą, a jego ideały zderzają się z surową rzeczywistością. Czy chłopiec stanie się bohaterem jak jego ojczym, czy też zginie w tej próbie?