Akcja rozgrywa się w mieście Fuyuki, typowym japońskim miasteczku. Ukryty przed oczami publiczności, toczy się w jego granicach śmiertelny konflikt. Siedem czarodziejów, określanych mianem „Mistrzów”, przywołuje potężne istoty znane jako „Służący”, wchodząc w walkę, dopóki nie pozostanie tylko jeden. Uważa się, że jedyny ocalały będzie mógł zgarnąć Święty Graal, artefakt zdolny spełnić jedno życzenie. Choć niewielu zna pochodzenie Wojny ani prawdziwą naturę Świętego Graala, konflikt ma wznowić się w tym roku. Protagonistą jest Emiya Shirou, który stracił rodziców w pożarze i został później adoptowany przez mężczyznę przedstawiającego się jako czarodziej. Podziwiając swojego ojczyma, Shirou trenował, by sam zostać czarodziejem. Jednakże, pozbawiony wrodzonego talentu, mógł ledwie korzystać z jednego rodzaju magii. Teraz, gdy jego ojczym nie żyje, Shirou pozostaje czarodziejem pozbawionym znaczących umiejętności czy wiedzy. Wplątuje się w Wojnę o Święty Graal, przypadkowo przywołując Saber, która ma reputację najsilniejszej ze wszystkich Służących...