W samym środku skrzyżowania w Shibuyie chłopak odkrywa, że potrafi słyszeć myśli osób wokół siebie. Nie wiedząc, dlaczego znajduje się tam z niczym innym jak tylko tajemniczym czarnym odznaką z czaszką, Neku Sakuraba szybko zwraca na siebie uwagę dziewczyny, która upiera się przy zawarciu z nim przymierza. Wyjaśnia, że potrzebuje tego przymierza, aby uniknąć "usunięcia" przez złośliwe stworzenia znane jako "Noise". Po zawarciu przymierza tajemnicza dziewczyna pokonuje Noise i przedstawia się jako Shiki Misaki, wraz ze swoją pluszową zabawką, Nyan-tan. Shiki wyjaśnia, że muszą oni połączyć siły przez kolejne siedem dni, ponieważ są częścią "Gry Shinigami". Do jego wielkiego rozczarowania, Neku niechętnie się zgadza, ponieważ niewidzialna ściana uniemożliwia mu opuszczenie Shibuyi. Nie tylko muszą oni bronić się przed Noise za pomocą "psychs" – zdolności uzyskiwanych z odznak – ale także muszą codziennie wykonywać Misje w określonych limitach czasowych. W miarę jak Neku wykonuje jedną po drugiej pozornie bezcelowe Misje, zaczyna zastanawiać się nad prawdziwą naturą Gry Shinigami.