Akcja Fate/Apocrypha rozgrywa się w świecie równoległym do Fate/stay night, w którym Wielki Graal został zabrany z Fuyuki po Trzeciej Wojnie o Święty Graal i zniknął na wiele lat. W latach 2000., mniej więcej w czasie, gdy miałaby odbyć się Piąta Wojna o Święty Graal, Yggdmillennia, grupa, która ukradła Graal, publicznie ogłasza swoje odłączenie od Stowarzyszenia Magów i twierdzi, że posiada artefakt. Stowarzyszenie wysyła pięćdziesięciu magów, aby go odzyskać, ale Lancer Czarnych natychmiast morduje wszystkich z wyjątkiem jednego. Jedyny ocalały udaje się aktywować system rezerwowy Wielkiego Graala, co umożliwia przywołanie łącznie czternastu Sług. Rozpoczyna to Wielką Wojnę o Święty Graal w Trifas, w której biorą udział dwie frakcje: Frakcja Czarnych, złożona z członków Yggdmillennia, oraz Frakcja Czerwonych, składająca się z agentów wysłanych przez Stowarzyszenie Magów, z wyjątkiem jednego członka Kościoła. Graal przywołuje również Ruler, który ma pełnić rolę mediatora w Wojnie o Święty Graal.