Akcja Fate/Apocrypha rozgrywa się w świecie równoległym do Fate/stay night, w którym Wielki Kielich został usunięty z Fuyuki po Trzeciej Wojnie Świętego Graala i zniknął na wiele lat. W latach 2000., mniej więcej w czasie, gdy miałaby odbyć się Piąta Wojna Świętego Graala, Yggdmillennia, grupa, która ukradła Kielich, publicznie ogłosiła swoje odłączenie się od Stowarzyszenia Magów i заявила, że posiada Kielich. Stowarzyszenie wysłało pięćdziesięciu magów, aby go odzyskać, ale Lancer of Black natychmiast zabił wszystkich z wyjątkiem jednego. Jedyny ocalały zdołał aktywować system rezerwowy Wielkiego Kielicha, co umożliwiło przywołanie łącznie czternastu Slugów. To wydarzenie inicjuje Wielką Wojnę Świętego Graala w Trifas, w której biorą udział dwie przeciwstawne frakcje: Frakcja Czarna, złożona z członków Yggdmillennia, oraz Frakcja Czerwona, składająca się z agentów wysłanych przez Stowarzyszenie Magów, z wyjątkiem jednego członka Kościoła. Sam Kielich przywołuje również Ruler, który ma pełnić rolę mediatora w Wojnie Świętego Graala.