Akademia Tsukimihara, technologiczne piekło przebrane za raj, to sztuczna szkoła średnia stanowiąca scenę kolejnej Wojny o Święty Graal. Stworzona przez komputer Księżycowej Komórki, szkoła zamieszkiwana jest przez dusze rzutowane z Ziemi, które posiadają choćby najmniejszy talent do bycia "Mistrzem". Spośród tych 256 dusz 128 zostanie wybranych do głównego turnieju i otrzyma Sluga. Gdy wszyscy Mistrzowie zostaną wyselekcjonowani, Akademia uruchamia czyszczenie, wymierzając się w pozostałe formy życia w celu ich eliminacji. Przywracając świadomość w kałuży własnej krwi, Hakuno Kishinami odmawia poddania się śmierci. Napędzany nieznanymi uczeniami nienawiści, przysięga walczyć o przetrwanie. Gdy z trudem próbuje uciec przed nieubłaganym prześladowcą, znajduje szkarłatny miecz wbity w ziemię; a wyciągając go, Hakuno przywołuje własnego Sluga, Sabera, który natychmiast niszczy jego prześladowcę w wirze różowych płatków. Dzięki swojej nowo nabytej mocy Hakuno musi teraz rozpocząć podróż do jądra Księżycowej Komórki, Klatki Angelica. Tam odkryje przyczynę istnienia tego sztucznego świata oraz tajemnice swojej przeszłości, zmoczone krwią.