Minato Sahashi, utalentowany, ale mający problemy 19-latek, po raz drugi nie zdał egzaminów wstępnych na uczelnię, przez co otoczenie zaczyna postrzegać go jako bezwartościowego. Jednak jego pozornie mroczna przyszłość gwałtownie się zmienia, gdy w jego życie wpada z nieba piękna, nadprzyrodzona kobieta. Jest to Musubi, unikalna istota znana jako „Sekirei” – humanoidny przybysz z kosmosu posiadający nadzwyczajne zdolności. Te istoty mają zwyczaj całowania ludzi noszących gen Ashikabi, aby obudzić w nich ukryte moce. Widząc potencjał w pozornie nieznaczącym młodzieńcu, Musubi całuje zdumiewającego Minato, nawiązując między nimi więź. Akt ten wciąga go w pełen napięcia świat Sekirei, gdzie on i jego nowa partnerka muszą rywalizować z innymi w walce o przetrwanie znanej jako „Plan Sekirei”. Jednak, czego nie wiedzą uczestnicy, na szali stoi znacznie więcej niż początkowo sugerowała ta rywalizacja.