Podczas podróży promem do Akademii Fuuka, nowi uczniowie Mai Tokiha i jej chory młodsi brat Takumi zauważają dziewczynę dryfującą w wodzie. Krótko po wciągnięciu jej na pokład, prom zostaje zaatakowany przez sprawcę, który przywołuje mechanicznego potwora. Mimo że Mikoto Minagi wciąż walczy z ranami, odparuje potwora za pomocą nadprzyrodzonego miecza. Mai szybko odkrywa, że Mikoto jest również uczennicą Akademii Fuuka posiadającą zdolności zwane HiME (Highly-advanced Materializing Equipment). Uczennice z HiME są odpowiedzialne za obronę akademii i lokalnego miasta przed potwornymi "Orphanami". Po kilku incydentach w szkole, w których dochodzi do walk z tymi tajemniczymi stworzeniami, Mai dowiaduje się, że sama jest HiME i potrafi przywołać Dziecko, mechaniczne stworzenie o wielkiej użyteczności i sile ognia. Teraz obciążona nowymi obowiązkami, Mai dołącza do 12 innych HiME, aby chronić szkołę przed zagrożeniem, o którym wiedzą niewiele, jednocześnie chroniąc tych, którzy są im najbliżej.