Yuuichi Tate jest podekscytowany perspektywą uczęszczania do nowo otwartej szkoły średniej. Wkrótce jednak odkrywa, że wybrana przez niego placówka jest często atakowana przez dziwne stworzenia znane jako „Orphans”. Aby stawić czoła tym najeźdźcom, szkoła utworzyła specjalną grupę zadaniową złożoną z dziewcząt zwanych „HiME”, które władają różnymi mocami żywiołowymi. Jednak sprawa jest bardziej skomplikowana. Każda HiME posiada unikalny „Key” – inną osobę, która po odnalezieniu może połączyć się z HiME, tworząc „Child”, jednostkę bojową niezbędną do skutecznego walki z Orphans. Dzięki swojemu szczęściu Yuuichi dowiaduje się, że nie jest „Key” tylko dla jednej HiME, ale dla dwóch... dwóch bardzo rywalizujących ze sobą uczennic. A to dopiero początek kłopotów.