Akcja toczy się w nieco futurystycznym świecie, w którym Ziemia została zaatakowana i toczy wojnę z obcymi z innego wymiaru zwanymi Novami. Historia śledzi przygody japońskiego chłopca o imieniu Kazuya Aoi, który zapisuje się na szkolenie do specjalnej szkoły dla genetycznie zmodyfikowanych dziewcząt zwanych Pandorami, które walczą z obcymi, oraz ich męskich partnerów, zwanych Limiters, którzy używają specjalnej mocy zwanej „freezing”, aby ograniczać mobilność przeciwników. Bohater poznaje niezwykłą starszą dziewczynę o imieniu Satellizer el Bridget, która wydaje się być najpotężniejszą Pandorą w swojej klasie, ale jeszcze nie wybrała sobie męskiego partnera na Limitera, i mimo ostrzeżeń wszystkich swoich przyjaciół, decyduje się zostać jej Limiterem.