Kilkadziesiąt lat w przyszłości ludzkość jest pod atakiem obcej rasy znanej jako Novas. Te nieczłowieczne istoty zostawiają po sobie zniszczenia za każdym razem, gdy się pojawiają, a wysiłki mające na celu ich odparcie stają się znane jako Bitwy z Novas. Młode kobiety znane jako „Pandory” i młodzi mężczyźni znani jako „Limitery” są wszczepiani stigmatami, aby nadać im nadludzkie moce, i szkoleni w akademiach wojskowych, gdzie muszą nauczyć się współpracować, jeśli ludzkość ma mieć szansę na przetrwanie. Freezing opowiada historię Kazuyi Aoi, który wyrusza w swój pierwszy dzień w akademii wojskowej West Genetics, dokładnie w momencie, gdy Pandory rozgrywają bitwę na śmierć i życie. To właśnie tutaj myli Satellizer el Bridget – potężną Pandorę znaną jako „Niedotykalna Królowa” – ze swoją zmarłą siostrą i przytula ją. Choć kosztuje ją to przegranej w meczu, odkrywa, że jego dotyk nie odpycha jej, i decyduje się przyjąć go jako swojego Limitera. Pozostaje tylko pytanie, czy ich partnerstwo przetrwa intrygi starszych roczników i nadchodzącą bitwę z Novas…