Gdy pozaziemski organizm znany jako „Savage” atakuje ludzkość, jedyną technologią zdolną do walki z wrogiem jest broń zwana „Hundred”. Hayato Kisaragi, przetrwały atak Savage’a, jest nastolatkiem o najwyższym poziomie kompatybilności z tą technologią i zostaje zaproszony do doskonalenia swoich umiejętności w Little Garden, prestiżowej akademii wojskowej położonej na okręcie bitowym. Podczas intensywnych treningów przygotowujących do nadchodzących bitew szybko przyciąga uwagę kilku koleżanek z klasy i angażuje się w różne incydenty, walcząc z istotami, które teraz zamieszkują Ziemię i zagrażają jej bezpieczeństwu.