Gdy pozaziemski organizm zwany „Savage” atakuje ludzkość, jedyną technologią zdolną do walki z wrogiem jest broń znana jako „Hundred”. Hayato Kisaragi, przetrwały atak Savage’a, jest nastolatkiem, który wykazuje najwyższy poziom kompatybilności z tą technologią i w rezultacie zostaje zaproszony do doskonalenia swoich umiejętności w Little Garden, prestiżowej akademii wojskowej położonej na okręcie bitowym. Podczas intensywnych treningów przed nadchodzącą bitwą natychmiast przyciąga uwagę kilku koleżanek z klasy i angażuje się w różne incydenty, próbując walczyć z istotami, które teraz zamieszkują Ziemię i zagrażają jej bezpieczeństwu.