Gdy pozaziemski organizm znany jako "Savage" atakuje ludzkość, jedyną technologią zdolną do walki z wrogiem jest broń zwana "Hundred". Hayato Kisaragi, przetrwały atak Savage'a, jest nastolatkiem posiadającym najwyższy poziom kompatybilności z tą technologią i w związku z tym zostaje zaproszony do doskonalenia swoich umiejętności w Little Garden, prestiżowej akademii wojskowej znajdującej się na pokładzie okrętu wojennego. W trakcie intensywnych przygotowań do nadchodzącej bitwy natychmiast zwraca na siebie uwagę wielu koleżanek z klasy i zostaje wplątany w szereg incydentów, próbując walczyć z istotami, które teraz zamieszkują Ziemię i zagrażają jej bezpieczeństwu.