Lucy jest unikalną podgatunkiem ludzkim znanym jako Diclonius, urodzona z małymi rogami i niewidzialnymi kończynami telekinetycznymi, które czynią ją celem okrutnych eksperymentów rządowych. Gdy otrzymuje szansę na ucieczkę, Lucy, utwardzona przez uwięzienie i tortury, uwalnia falę przemocy, aby uwolnić się od swoich oprawców. Podczas ucieki doznaje poważnej rany głowy, która powoduje rozszczepienie osobowości: osobowość z umysłem niewinnego dziecka i ograniczoną mową. W tym niestabilnym stanie spotyka dwóch studentów, Koutę i jego kuzynkę Yukę, którzy nieświadomie przyjmują ranną uciekinierkę, nie wiedząc o jej przemocy. Ten akt dobroci zmieni ich życie, ponieważ wkrótce zostają wciągnięci w mroczny świat rządowych tajemnic i spisków.