Lucy jest unikalną podgatunkiem ludzkim znanym jako Diclonius, urodzona z małymi rogami i niewidzialnymi kończynami telekinetycznymi, co czyni ją celem dla okrutnych rządowych eksperymentów. Jednak gdy otrzymuje szansę na ucieczkę, Lucy, utwardzona przez więzienie i tortury, wywołuje falę przemocy, aby uciec swoim oprawcom. Podczas ucieki doznaje poważnej kontuzji głowy, która prowadzi do rozszczepienia osobowości: postaci z umysłem niewinnej dziewczynki i ograniczoną mową. W tym niestabilnym stanie spotyka dwóch studentów, Koutę i jego kuzynkę Yukę, którzy nieświadomie przyjmują ranną uciekinierkę, nie wiedząc o jej przemocy. Ten akt dobroci zmieni ich życie, ponieważ szybko okazuje się, że zostają wciągnięci w mroczny świat rządowych tajemnic i spisków.