Makoto Itou, uczeń liceum, po raz pierwszy zwraca uwagę na Kotonohę Katsurę na początku drugiego semestru swojego pierwszego roku nauki. Jest natychmiast oczarowany jej urodą, jednak jego nieśmiałość nie pozwala mu na zbliżenie się do niej, mimo że codziennie jadą tym samym pociągiem. Zamiast tego w tajemnicy robi jej zdjęcie i ustawia je jako tapetę na telefonie komórkowym: amulet, który, jeśli zachowany w sekrecie, rzekomo pomaga zrealizować miłość. Jednak koleżanka z klasy, Sekai Saionji, dostrzega to zdjęcie, ale zamiast go obnażyć, oferuje pomoc w nawiązaniu relacji z Kotonohą – idąc nawet tak daleko, że zaprzyjaźnia się z nią tylko dla niego. W ten sposób trójka rozpoczyna dość spontaniczną przyjaźń. School Days opisuje życie tych trzech nastolatków, gdy przechodzą przez radości i trudności życia licealnego. W opowieści pełnej życia, romantyzmu i melancholii, historia tych trzech uczniów zapadnie w pamięć na długo po dramatycznym zakończeniu.