Codziennie podczas podróży pociągiem do szkoły Makoto Itou zauważa piękną Kotonohę Katsurę, ale jest zbyt nieśmiały, by do niej zagadać. W jego szkole krążą plotki o zaklęciu: zrób zdjęcie swojej wybranki, ustaw je jako tapetę telefonu i jeśli nikt go nie zobaczy przez trzy tygodnie, miłość spełni się. Dlatego Makoto robi zdjęcie pięknej dziewczyny o czarnych włosach i nadal podziwia ją z daleka. Jednak gdy Sekai Saionji – dziewczyna siedząca obok niego na lekcjach – widzi to zdjęcie, dochodzi do wniosku, że jest zakochany w Kotonohie i postanawia pomóc mu w jego romantycznych problemach. Ostatecznie dzięki Sekai Kotonoha i Makoto zaczynają się spotykać, a on zastanawia się, jak może jej oddać za jej życzliwość. Ale do jego zdumienia Sekai żąda zapłaty w zaskakującej formie: pocałunku. School Days opowiada o skomplikowanych romantycznych splątaniach tych trzech uczniów liceum oraz konsekwencjach, które ich czekają w wyniku ich złych decyzji.