Scena jest gotowa. Przygotowania są ukończone. Wielka bitwa royale znana jako „Projekt Sekirei” ma niedługo zapanować na ulicach Shintou Teito. W związku z tym wydarzeniem tajemnicza korporacja MBI opracowała 108 „Sekirei” – zaawansowanych istot humanoidnych o niezwykłych umiejętnościach bojowych. Zwolnione do miasta, te Sekirei muszą poszukać swoich „Ashikabi”, mistrzów, którzy mogą odblokować i kontrolować ich bojowy potencjał poprzez pocałunek. Gdy wszystkie Sekirei zostaną sparowane, muszą walczyć, aż jedna drużyna wyjdzie zwycięsko i zdobędzie enigmatyczną główną nagrodę. Wchodzi Minato Sahashi, ronin, którego życie jest tak mroczne, jak to tylko możliwe. Słaby charakterem i pozbawiony pewności siebie, jego sytuacja staje się jeszcze bardziej beznadziejna, gdy ponownie nie zdaje egzaminów wstępnych na uczelnię. Jednak gdy spotyka Sekirei o imieniu Musubi, między nimi iskrzy się więź, a on sam staje się jej Ashikabi. Choć zaczyna cenić swoje życie z Musubi i innymi Sekirei, z którymi się związał, jednocześnie coraz bardziej angażuje się w Projekt Sekirei. Jeśli Minato chce chronić swoje nowe życie, będzie musiał podnieść poprzeczkę i wziąć udział w tym wymagającym, wysokostawkowym starciu.