Death City jest siedzibą słynnej Akademii Śmiertelnych Broni (Shibusen), placówki technicznej kierowanej przez Shinigami — samego Lorda Śmierci. Jej celem jest szkolenie Śmiertelnych Kosów dla Shinigami, które mają służyć do walki z różnymi złami ich fantastycznego świata. Te Śmiertelne Kosy nie są tworzone z fizycznych broni; zamiast tego pochodzą od ludzkich hybryd zdolnych do przekształcania swoich ciał w Demoniczne Bronie, statusu, którego można dokonać tylko po pochłonięciu dusz 99 złych istot i jednej czarownicy. Soul Eater Evans, Demoniczna Kosa, która wydaje się dbać tylko o to, co jest cool, dąży do zostania Śmiertelną Kosą przy pomocy swojej dyscyplinowanej użytkowniczki, czyli meisterki, Maka Albarn. Ta kontrastująca para pracuje i uczy się razem z gorąco temperamentnym Black☆Star i jego troskliwą bronią Tsubaki, a także z synem Shinigami, Death the Kid, obsesyjnie-kompulsywnym dwuręcznym użytkownikiem bliźniaczych pistoletów Patty i Liz. Podczas gdy podejmują misje zbierania dusz i obrony miasta przed globalnymi zagrożeniami, studenci Shibusen współpracują pod śmiejącym się słońcem, aby wzmocnić swój umysł, ciało i duszę.