Death City jest siedzibą Akademii Śmiertelnych Broni, założonej przez Shinigami — samego anioła śmierci. Akademia została utworzona w celu utrzymania pokoju i szkoli Meistrów oraz Demon Weapon — osoby przyjmujące formę broni — w celu ochrony ludzkości przed złem. Ostatecznym celem Meistra jest stworzenie „Death Scythe” godnej Shinigami. Aby to osiągnąć, ich partner w formie broni musi pochłonąć dusze 99 złoczyńców i jednej czarownicy. Maka Albarn i jej partner Soul Eater „Soul” Evans to dwaj studenci dążący do stworzenia Death Scythe. Towarzyszą im hałaśliwy Black☆Star i jego partnerka Tsubaki Nakatsukasa, a także perfekcjonista Death the Kid — zwany po prostu Kid — oraz jego partnerki, bliźniaczki Patricia „Patty” i Elizabeth „Liz” Thompson. Ci ambitni studenci dążą do tego, by stać się najlepszą drużyną Meistra i Demon Weapon, przeżywając przygody, misje i liczne próby w klasie. Jednakże otaczają ich liczne tajemnice, a wraz z pojawieniem się nowych wrogów i ujawnianiem się sekretów, Maka, Soul i ich przyjaciele muszą walczyć, aby chronić akademię, Death City i cały świat przed przeciwnikami znacznie bardziej niebezpiecznymi niż ludzie.