Ból po stracie bliskiej osoby może być tak silny, że ktoś może chcieć ją wskrzesić — słabość, z której korzysta tajemniczy Earl z Millennium. Tworzy mechaniczną broń zwaną „Akuma”, używając dusz umarłych, które zostają przywołane. Gdy dusza znajdzie się wewnątrz Akuma, jest uwięziona na zawsze, a jedynym sposobem na jej uratowanie jest egzorcyzm z jej naczynia za pomocą antyakumowej broni „Innocence”. Po trzech latach spędzonych jako uczeń Generała Crossa, Allen Walker zostaje wysłany do Black Order — organizacji złożonej z tych, którzy są gotowi walczyć z Akuma i Earlem z Millennium — aby zostać oficjalnym Egzorzystą. Z ręką pełniącą funkcję jego Innocence i przeklętym okiem, które widzi cierpiące dusze wewnątrz Akuma, to na Allenie i jego towarzyszących Egzorzystach spoczywa zadanie powstrzymania ostatecznego planu Earla z Millennium: planu, który może doprowadzić do zniszczenia świata.