Tysiące lat temu istnieli ludzie obdarzeni mocą Boga. Ich misją było zniszczenie złowrogich zła, które czaiły się w ciemnościach znanych jako „Akuma”. Pod wodzą Milenium Earla, Akuma dążyły do zniszczenia fragmentów „Innocence”, jedynej broni zdolnej ranić Earla i jego armię, oraz do wywołania Wielkiego Potopu, który miał miejsce sto lat wcześniej. Aby zapobiec tej tragedii, utworzono Czarny Zakon, organizację poświęconą walce z Earlem. Rekrutują oni Egzorcystów, osoby mające wrodzoną zdolność przyjmowania Innocence, aby walczyli przeciwko Akuma. Pod koniec XIX wieku Allen Walker – chłopiec o białych włosach, uzbrojony w Innocence przyjmujące postać jego całej lewej ręki oraz przeklęte oko, które potrafi widzieć Akuma – zostaje wysłany do Czarnego Zakonu. Tam Allen poznaje różnych towarzyszy z Zakonu – zmiennego Yuu Kandy, dobroduszną Lenalee Lee oraz wesołego, ale tajemniczego Laviego. Pomimo różnych osobowości, mają jeden cel: przynieść zbawienie duszom Akuma i zapobiec zniszczeniu świata przez Earla.