Studenci Akademii Wojskowej Imperium Barsburg są szkoleni, aby stać się zdolnymi wojownikami, którzy posłużą jako nowi żołnierze imperium. Co roku pięćset studentów składa egzamin końcowy, w którym tylko 20 może zdać, aby zostać honorowymi "begleitern", stanowiskiem równoważnym asystentom oficerów wykonawczych. Studenci walczą ze swoimi wrogami, używając "zaiphonu", zdolności nadanych przez Boga, które przyjmują różne formy w zależności od jednostki. Teito Klein, ulubiony student przewodniczącego akademii, jest lekceważony przez swoich rówieśników ze względu na swój poprzedni status niewolnika. Mimo że nie może w pełni przypomnieć sobie swojej przeszłości, jego wesoły najlepszy przyjaciel, Mikage Celestine, pozostaje przy jego boku. Po tym, jak obaj przystąpią do egzaminu, Teito przypomina sobie małe fragmenty dawno zapomnianej pamięci, co powoduje, że instynktownie atakuje szefa sztabu, Ayanamiego. Zduszony za bunt, Teito zostaje uwięziony w celu dalszego przesłuchania. Ale z pomocą Mikage'a, Teito ucieka do Kościoła Barsburg w Siódmym Dystrykcie imperium. Podczas gdy walczy, aby uciec z łap wojska Imperium Barsburg, odkrywa wspomnienia, które w nim spoczywają, i dowiaduje się o potężnej sile, która błąka się w cieniach imperium.