Dawno temu żył wampir o imieniu Vanitas, pogardzany przez własne rodzeństwo za to, że urodził się w noc pełnego błękitnego księżyca, podczas gdy większość pojawia się w noc czerwonego. Przerażony i izolowany, stworzył Księgę Vanitasa, przeklęty grimoire przeznaczony do wymierzenia zemsty na wszystkich wampirach; przynajmniej tak głosi legenda. Vanitas no Karte śledzi Noé Archiviste, młodego mężczyznę podróżującego statkiem powietrznym w Paryżu XIX wieku z jednym celem: odnalezienie Księgi Vanitasa. Nagły atak wampirów prowadzi go do spotkania z enigmatycznym Vanitsem, lekarzem specjalizującym się w wampirach i, ku zdumieniu Noé, całkowicie zwyczajnym człowiekiem. Ten tajemniczy lekarz odziedziczył zarówno imię, jak i notorycznie znany tekst po legendarnym Vanitasie, wykorzystując grimoire do leczenia swoich pacjentów. Jednakże pod jego łagodnym wyglądem kryje się coś nieco bardziej złowrogiego.