Ukryci jako ludzie, homunkulusi zamieszkują świat, aby polować na nieświadomą populację. Stworzeni dawno temu przez europejskich alchemików, homunkulusi są trudni do zniszczenia bez broni znanej jako Kurogane. Każde Kurogane ma unikalny kształt dostosowany do instynktów swojego użytkownika, przyjmując postać specjalnych zdolności zwanych Busou Renkin. Podczas powrotu ze szkoły pewnego dnia Kazuki Mutou zauważa bezbronną dziewczynę atakowaną przez homunkulusa. Gdy próbuje interweniować, to dziewczyna ratuje życie Kazukiemu, rozbijając jego naiwny światopogląd. Dziewczyna przedstawia się jako Tokiko Tsumura, a Kazuki szybko dowiaduje się, że przypadkowo wszczepiła mu Kurogane. Teraz, niechcący wplątany w walkę z homunkulusami, Kazuki musi porzucić swoje dotychczasowe leniwe życie, aby chronić tych, których kocha.