Świat, jaki znamy, to w rzeczywistości tylko połowa prawdy, co Takeshi Nanase odkrywa nagle pewnego letniego poranka. Podążając na trening kendo, Takeshi napotyka nieprzytomną dziewczynę w mundurze, którego nie rozpoznaje. Postępuje honorowo i ratuje jej życie, a w zamian dziewczyna budzi się i przypadkowo zamienia go w maga. Jak się okazuje, istnieje świat, w którym żyje Takeshi, oraz świat magów. Większość magów po prostu pragnie pokojowego współistnienia z niemagami, ale niektórzy hodują większe ambicje. Mui Aiba to maga uczęszczająca do Akademii Magii Subaru, gdzie magowie uczą się kontrolować i kierować swoimi mocami oraz żyć w pokoju ze zwykłymi ludźmi. Po swoim przeznaczącym spotkaniu z Mui, Takeshi i jego nowo przybyli przyjaciele-magowie, Kurumi Isoshima oraz Kazumi Ida, postanawiają również zapisać się do Akademii Magii. Wszyscy trzej przyjaciele mają różne powody, dla których kontynuują walkę, czy to uciekając przed przeszłością, czy też dążąc do nadrobienia zaległości z przyszłością. Posiadają różne rodzaje mocy, których muszą się nauczyć opanowywać, aby stawić czoła Ghost Trailers, grupie magów gotowych używać przemocy, by narzucić swoją przewagę nad ludźmi. Prześladowani przez Ghost Trailers, Takeshi i jego przyjaciele muszą trenować, by stać się silniejszymi, zmierzyć się z przywódcą Trailers i zapobiec wybuchowi Drugiej Wielkiej Wojny Magicznej.