W 2015 roku Organizacja Bezpieczeństwa Chaldea rekrutuje ekspertów z dziedzin magii oraz świata zwykłych ludzi, aby monitorować przyszłość ludzkości pod kątem potencjalnych zagrożeń wymierania. Przynajmniej na najbliższy stulecie przetrwanie gatunku wydaje się zagwarantowane – dopóki przewidywanie nie zmienia się nagle, wskazując, że ludzkość stoi w obliczu zagłady do końca 2016 roku. Przyczyna pozostaje nieznana, choć wydaje się być powiązana z japońskim miasteczkiem Fuyuki i wydarzeniami Piątej Wojny o Święty Graal w 2004 roku. W odpowiedzi Chaldea wykorzystuje eksperymentalną metodę podróży w czasie znaną jako technologia Rayshift. Dzięki temu systemowi Ritsuka Fujimaru, młody mężczyzna niedawno przyjęty do organizacji, oraz tajemnicza dziewczyna Mash Kyrielight mogą wrócić do 2004 roku, aby odkryć, jak uratować ludzkość. Wydano Wielki Rozkaz mający na celu przeciwstawienie się przeznaczeniu – rozkaz zmiany przeszłości i przywrócenia przyszłości.