Yuuki Cross, która jest wesoła, oraz Zero Kiryuu, który jest ponury, służą w komisji dyscyplinarnej Akademii Cross. Akademia składa się z dwóch bardzo odmiennych klas: Klasy Dnia i Klasy Nocy. Ich obowiązkiem jest utrzymanie porządku między klasami podczas ich zmiany. Choć może to nie wyglądać na szczególnie trudne zadanie, Klasa Dnia nie zna prawdy o Klasie Nocy – jej studenci, którzy są absolutnie piękni, to wampiry. Dziesięć lat temu Kaname Kuran, wampir z czystej krwi, uratował Yuuki przed atakiem wampira. Kaname obecnie kieruje Klasą Nocy, a pozycja Yuuki w komisji dyscyplinarnej pozwala jej ponownie go widywać, co komplikuje jej uczucia do niego. Tymczasem Zero żywi białogorącą nienawiść do wszystkich wampirów i wierzy, że nigdy nie będą mogli żyć w harmonii z ludźmi. Jednak tajemnica z przeszłości Zero wkrótce zagraża kruchej równowadze wszystkich w akademii, a sytuacja może nigdy już nie wrócić do normy.