Gdy zaginiony Zero Kiryuu wraca do Akademii Cross, Yuuki Cross czuje ulgę, widząc go bezpiecznego, ale zauważa, że Zero zmienił się na wiele sposobów. Z powodu dokonywanych przez niego wyborów, Zero męczy wizje, a on próbuje odkryć przyczynę ich powstawania – nieświadomy, że odpowiedzi mogą być znacznie bliżej, niż myśli. Wkrótce Yuuki również zaczyna być dręczona przerażającymi halucynacjami i szuka wyjaśnienia swojej owianej tajemnicą przeszłości u jedynego, kto może dać jasność: Kanamego Kurana, wampira czystej krwi, najbliższego jej sercu. Ale co się stanie, gdy prawda w końcu zostanie ujawniona?