Kazuya Kujou jest studentem zagranicznym w Akademii Świętej Marguerite, luksusowej szkole z internatem położonej w południowoeuropejskim kraju o nazwie Sauville. Pochodzący z Japonii, ze swoimi czarnymi jak smoła włosami i ciemnobrązowymi oczami, jest wykluczany przez klasę, co przynosi mu przydomek "Czarny Żniwiarz" – nawiązanie do szeroko rozpowszechnionej miejskiej legendy o podróżniku, który przynosi śmierć wiosną. W zwykły dzień Kujou udaje się do bogato urządzonych biblioteki szkoły, aby poszukać historii o duchach. Jednak jego uwagę szybko przyciąga pojedynczy złoty włos na schodach. Podążając za śladem, dociera do rozległego ogrodu i spotyka Victorique de Blois, uroczą, lalkowatą dziewczynę, której skomplikowana i wyobraźnia bogata przewidywalność pozwala jej przewidywać ich przyszłości, które są teraz ze sobą powiązane. Gdy kolejne tajemnice szybko się rozwijają – takie jak widok duchowej statku i obecność alchemika posiadającego moc transmutacji – Victorique i Kujou, połączeni losem i swoimi unikalnymi zdolnościami, znajdują się w sytuacji, w której muszą polegać na sobie nawzajem.