Gdy tragedia jest nieunikniona, Satoru Fujinuma cofa się w czasie o kilka minut przed jej wystąpieniem. Odurzony, 29-letni mangaka wykorzystuje to potężne, choć tajemnicze zjawisko, które nazywa "Revival", aby uratować wiele żyć. Jednakże, gdy zostaje niesłusznie oskarżony o zamordowanie kogoś bliskiego, Satoru zostaje ponownie cofnięty w przeszłość, tym razem do roku 1988, czyli 18 lat wstecz. Wkrótce dochodzi do wniosku, że morderstwo może być powiązane z porwaniem i zabójstwem jednej z jego koleżanek ze szkoły, samotnej i tajemniczej Kayo Hinazuki, które miało miejsce, gdy był dzieckiem. To jego szansa, aby naprawić przeszłość. Boku dake ga Inai Machi towarzyszy Satoru w jego misji odkrycia, co naprawdę wydarzyło się 18 lat temu i zapobieżenia śmierci jego koleżanki ze szkoły, jednocześnie chroniąc tych, o których dba w teraźniejszości.