Ekscentryczny naukowiec Rintarou Okabe ma niegasnące pragnienie odkryć naukowych. Wspólnie ze swoim roztrzepanym, ale dobrym sercem przyjacielem Mayuri Shiina oraz współlokatorem Itaru Hashidą, Okabe załamuje Laboratorium Przyszłych Gadżetów, mając na celu opracowanie przełomowych technologii, które zaskakują ludzki umysł. Mimo ich wielkich ambicji, jedynym znaczącym „gadżetem”, jaki trio udało się stworzyć, jest mikrofalówka zdolna do zaskakującego przekształcania bananów w zieloną papkę. Jednak po uczestnictwie w konferencji o podróży w czasie, Okabe napotyka serię dziwnych zdarzeń, które przekonują go, że „Mikrofalówka Telefonowa” ukrywa tajemnice wykraczające poza jej pozorną funkcję. Wydaje się, że jest w stanie przesyłać wiadomości tekstowe do przeszłości za pomocą mikrofalówki, więc Okabe kontynuuje eksperymenty z tą „maszyną czasu”, co przyciąga wrogość i uwagę tajemniczej organizacji SERN. Z powodu tego przełomowego odkrycia Okabe i jego towarzysze stają się stałym celem niebezpieczeństw. W miarę jak stara się naprawić szkody wyrządzone przez jego wynalazek na linii czasu, Okabe prowadzi walkę, aby uratować nie tylko tych, o których dba, ale także zachować swoją pogarszającą się równowagę psychiczną.