Osiągnąwszy swój emocjonalny punkt załamania, Rintarou Okabe odmawia dalszej pomocy podróżniczce w czasie Suzuha Amane w jej misji zapobieżenia III wojnie światowej, wierząc, że wszelkie dalsze próby uratowania Makise Kurisu będą daremne. Niedługo potem Okabe porzuca swoją osobę szalonego naukowca i staje się pozornie zwykłym studentem uniwersytetu. Bliska przyjaciółka Okabe, Mayuri Shiina, postrzega go jako kogoś, kto powoli dochodzi do siebie po traumie, i jest widocznie zadowolona. Jednak coś nadal zdaje się dręczyć Okabe. Steins;Gate: Kyoukaimenjou no Missing Link - Divide By Zero oznacza początek krytycznego rozbiegu — linii czasowej, w której ciężar przeznaczenia przekracza ludzkie możliwości.