Akcja Steins;Gate rozgrywa się w Akihabarze i opowiada o grupie przyjaciół, którzy zmodyfikowali mikrofalówkę w urządzenie zdolne do wysyłania wiadomości tekstowych do przeszłości. Podczas przeprowadzania różnych eksperymentów zostają wyśledzeni przez organizację o nazwie SERN, która prowadzi własne badania nad podróżami w czasie, co zmusza bohaterów do znalezienia sposobu na uniknięcie schwytania.