Minęły dwa i pół roku od momentu, gdy Naruto Uzumaki opuścił Konohagakure, Wioskę Ukrytą w Liściach, aby podjąć rygorystyczne szkolenie po wydarzeniach, które zmotywowały go do stania się silniejszym. Teraz Akatsuki, tajemnicza organizacja elitarnych ninja-rozbójników, realizuje swój wielki plan, który może zagrażać bezpieczeństwu całego świata shinobisów. Mimo że Naruto jest starszy, a na horyzoncie nadciągają mroczne wydarzenia, jego osobowość zmieniła się niewiele – nadal jest burzliwy i dziecinny – choć teraz jest znacznie bardziej pewny siebie i ma jeszcze większą determinację, by chronić swoich przyjaciół i dom. Niezależnie od tego, co się stanie, Naruto będzie kontynuował walkę o to, co dla niego ważne, nawet kosztem własnego ciała, w dalszym ciągu sagi o chłopcu, który pragnie zostać Hokage.