W najbliższej przyszłości rozszerzona rzeczywistość staje się centralnym elementem codziennego życia. Łagodna uczennica szkoły średniej o imieniu Yuuko "Yasako" Okonogi wraz z rodziną właśnie przeprowadziła się do miasta Daikoku, mimo plotek o znikających ludziach. Tam jej babcia, przezwana "Mega-baa", prowadzi sklep o nazwie Megasia, specjalizujący się w nielegalnych narzędziach, które oddziałują na fragmenty świata wirtualnego. Mega-baa prowadzi również nieoficjalną agencję detektywistyczną o nazwie Coil, grupę dzieci w wieku Yasako, które odkrywają i rozwiązują problemy związane z korupcją świata wirtualnego. Yasako angażuje się w działania grupy, gdy Fumie Hashimoto, zabawowa członkini Coil, pomaga uratować jej cyberpsa Densuke, który utknął w przestrzeni wirtualnej podczas pościgu za tajemniczym wirusem. Te same korupcje i wirusy bada również złośliwa hakerka o imieniu Yuuko Amasawa, którą inni nazywają Isako. Czy Coil odkryje prawdy stojące za tajemniczymi wirusami i korupcją, a jeśli tak, to za jaką cenę?