Wysuwając się z kokonu w wiosce Old Home, młoda Haibane — istota posiadająca aureolę i małe szare skrzydła — budzi się do świata, którego nie potrafi zrozumieć, pozbawiona wspomnień z przeszłości. Nadaje jej się imię Rakka, nawiązujące do snu o upadku, jaki przeżywała wewnątrz kokonu, i stopniowo przyzwyczaja się do życia w tym niezwykłym miasteczku. Jednakże Haibane podlegają ścisłym regulacjom, w tym zakazowi opuszczania wioski lub zbliżania się do otaczających ją murów. Te ograniczenia, połączone z tajemniczymi zniknięciami ich rodaków w ich „Dzień Lotu”, zaczynają niepokoić Rakkę i pozostałych, ponieważ wiedzą bardzo mało o własnej naturze. Podczas gdy Rakka i inne Haibane poruszają się po życiu bez wspomnień z przeszłości, próbują uwolnić się od dawnego bólu i ostatecznie dążyć do zbawienia.