Ludzie są często najbardziej bezbronni, gdy są samotni i nie potrafią dogadywać się z otoczeniem. Izolacja odczuwana jest ostryżej w tłumie, dlatego niektórzy szukają pocieszenia w najdziwniejszych miejscach, gdzie czai się nieznane. Do takich osób należą Ayumu Aizawa, były miejski mieszkaniec, obecnie żyjący na wsi w Tanie, oraz Kisa Tanigawa, młoda dziewczyna, która ma trudności z nawiązywaniem relacji z innymi. Tym, co łączy tych dwoje, jest poczucie, że ich życie poszło nie tam, gdzie powinno. Zettai Shounen opowiada historię dziwnych zjawisk dotykających dwa różne środowiska, bez wyjaśnienia ich pochodzenia ani nagłego pojawienia się. Wszystko, co wiadomo, to fakt, że zjawiska te wydają się koncentrować wokół osób o mieszanych uczuciach wobec siebie i innych.