Aoyama posiada wiedzę porównywalną z wiedzą dorosłego, co jest nietypowe dla dziecka. W związku z tym jest często dręczony przez swoich kolegów z klasy. Pochłania go również uczucie do sympatycznej kobiety, którą niedawno poznał w gabinecie dentystycznym. Pewnego ranka wokół jego dzielnicy zaczynają tajemniczo pojawiać się pingwiny. Nikt nie wie, skąd się wzięły ani jak tu dotarły. Rozpaczliwie chcąc odkryć prawdę, Aoyama dołącza do swojej nowej miłości w badaniu pingwinów. Z biegiem czasu odkrywają unoszącą się w powietrzu sferę, którą nadają przydomek „Morze”. Wszystko, co wejdzie do Morza, nie wraca, a tylko pingwiny mogą je zniszczyć. Jednak coś przerażającego powstaje, gdy pingwiny to zrobią... Penguin Highway śledzi badania Aoyamy i kobiety nad tajemniczym pochodzeniem pingwinów, a także liczne trudności, z którymi Aoyama spotyka się podczas swojego śledztwa.