Wiele lat temu, po zakończeniu krwawej wojny światowej, ludzkość szukała schronienia w sześciu państwach-miastach, które wydawały się pokojowe i idealne... przynajmniej na zewnątrz. Jednak Shion, elitarny mieszkaniec Państwa-Miasta Nr 6, zyskał nowe spojrzenie na swój świat dzięki przypadkowemu spotkaniu z tajemniczym chłopcem o imieniu Nezumi. Okazało się, że Nezumi jest tylko jednym z wielu żyjących w pustynnej, opustoszałej ziemi za murami tej rzekomej utopii. Mimo że wiedział, iż drugi chłopiec jest uciekinierem, Shion postanowił przyjąć go na noc i chronić, co doprowadziło do drastycznych konsekwencji: z powodu swoich działań Shion i jego matka straciły status elitarny i zostały przeniesione w inne miejsce, a ciemniejsza strona miasta zaczęła ujawniać się. Teraz, długo po ich zmieniającym życie pierwszym spotkaniu, Shion i Nezumi są wreszcie ponownie ze sobą połączeni – były elitarny mieszkaniec i chłopiec na ucieczce są na progu przygody, która z czasem odsłoni złowrogie sekrety Nr 6.