W postapokaliptycznym społeczeństwie znaczna część Japonii, zniszczonej przez trzęsienia ziemi, leży w gruzach, co doprowadziło do nadmiernego rozrostu roślinności. Rządy kontrolują znaczną część światowych emisji, co stworzyło poważny podział klasowy i nierówności ekonomiczne. Japoński rząd uruchamia „Projekt Atlas”, utopijne miasto zaprojektowane jako zastępstwo dla Tokio, ale o pojemności ograniczonej do określonej liczby mieszkańców. To ograniczenie zmusza niektórych ludzi do życia jako uchodźcy w otaczających miasto dżunglach poza murami miejskimi. Jednak każdy wadliwy plan przyciąga tych, którzy są gotowi go kwestionować. Do tych wyzwalaczy należą Kuniko Houjou, dziedziczka buntowniczej miejscowości; Mikuni, tajemnicze i potężne dziecko trzymane w tajnej świątyni; Kunihito Kusanagi, żołnierz służący zaawansowanemu technologicznie, ekskluzywnemu monopolowi Atlasu; Karin Ishida, genialna ekonomistka z wpływami na rynkach na całym świecie; oraz złowrogie Ryouko Naruse, która kieruje Atlasem w jego dominacji nad tym przyszłym światem. Czy ta grupa rebeliantów, tworząca ruch o nazwie „Metal-Age”, zjednoczy się, aby udowodnić, że inkluzja i praca zespołowa triumfują nad okrutną segregacją?