Pod koniec XX wieku globalne ocieplenie przekształciło Tokio w miasto o klimacie tropikalnym, a niszczycielskie burze sprawiły, że życie cywilizowane stało się tam niemożliwe. Rząd postanowił opuszczać Tokio i ewakuować jego mieszkańców do ogromnego, wielowarstwowego megalopolis o nazwie „Atlas”. Jednak ograniczona pojemność Atlasu doprowadziła do wzrostu liczby uchodźców oraz powstania partyzantki antyrządowej. Houjyou Kuniko, przywódczyni partyzantki, chwyciła za broń, aby stawić czoła rządowi i zatrzymać projekt Atlasu.