Życie w futurystycznym mieście No. 6 nie może być lepsze, zwłaszcza dla najlepszego ucznia, Shiona. Od drugiego roku życia spokojnie mieszkał w swoim dystrykcie, mając przed sobą jasną przyszłość. Jednak w noc swoich 12. urodzin jego idealne życie zmieniło się na zawsze. Nieznany, ranny chłopak w jego wieku, stojący przed otwartym oknem jego pokoju, dusi go. Mimo zagrożenia Shion upiera się przy opatrywaniu ran nieznajomego, zamiast go puścić. Wtrącony, uciekinier o imieniu Nezumi, ujawnia Shionowi, że miasto nie jest tak nieskazitelne, jak się wydaje. Następnego dnia Nezumi znika bez śladu, a incydent pozbawia Shiona i jego matki statusu elitarnego. Cztery lata po tej przeznaczonej burzowej nocy dzieją się niepojęte wydarzenia, które powodują, że Shion zaczyna wątpić w władze przysięgłe na ochronę jego domu. Gdy zostaje niesłusznie obwiniony za te zdarzenia, ponownie spotyka się z Nezumi, który ratuje go przed trwałym uwięzieniem. Teraz, jako poszukiwani przestępcy, Shion i Nezumi nie mają wyboru, jak tylko eksplorować i odsłaniać pretensjonalną fasadę No. 6.