Świat cieszy się pokojem od czasu wprowadzenia systemu Fractale. Wspierani przez terminali Fractale wszczepionych w swoje ciała, ludzie żyją w izolacji, swobodnie koncentrując się na własnych zainteresowaniach. Clain Necran spędza dni na zbieraniu technologicznych reliktów z ery poprzedzającej wprowadzenie Fractale. Jedyne towarzystwo, jakie ma, to Doppels jego rodziców, czyli zaawansowane holograficzne klony. Clain niedługo poznaje Phryne – pierwszą dziewczynę, jaką kiedykolwiek spotkał – i natychmiast znajduje ją fascynującą. Jednak Phryne jest prześladowana przez anty-Fractale'ową grupę znaną jako The Lost Millenium, a przed zniknięciem zostawia w opiece Claina dziwny artefakt. Decydując, że musi uratować Phryne i zwrócić jej rzeczy, Clain wyrusza, by ją odnaleźć. Jego podróż prowadzi go głęboko w serce systemu Fractale, gdzie poznanie prawdy za nim stanowi dla niego większe niebezpieczeństwo, niż mógłby sobie wyobrazić.