Tajemnicze nieśmiertelne istoty ludzkie zwane „Ajin” po raz pierwszy pojawiły się 17 lat temu w Afryce. Po ich odkryciu uznano je za zagrożenie dla ludzkości, ponieważ mogły wykorzystywać swoje moce do złych celów i nie dało się ich zniszczyć. Od tamtej pory, za każdym razem, gdy Ajin zostaje odnaleziony w społeczeństwie, musi być natychmiast aresztowany i umieszczony w areszcie. Kei Nagai to uczeń szkoły średniej, który ciężko pracuje, aby zostać lekarzem. Wie bardzo mało o Ajin, widując ich jedynie od czasu do czasu w wiadomościach. Uczniowie uczą się, że te istoty nie są uważane za ludzi, ale Kei nie zwraca na to zbyt dużej uwagi w szkole. W rezultacie jego zaskakująco słaba znajomość tego tematu okazuje się całkowicie bez znaczenia, gdy przetrzymuje wypadek, który miał go zabić, co sygnalizuje jego odrodzenie jako Ajin i początek dni męki. Jednak gdy znajduje się sam, uciekając przed całym światem, Kei szybko zdaje sobie sprawę, że więcej przedstawicieli jego gatunku może być znacznie bliżej, niż myśli.