Po ucieczce przed pewną śmiercią, Kei Nagai i jego nowy towarzysz Kou Nakano planują zemstę na Satou, ich współbratku Ajin, który jest gotowy na wszystko, by zapanować nad światem. Gdy Satou rozpoczyna serię publicznych egzekucji, ludzkość spieszy się, by znaleźć rozwiązanie, które powstrzyma nieśmiertelnego złoczyńcę. Kei znajduje nieoczekiwanych sojuszników w postaci dwóch byłych przeciwników: wysokiego urzędnika rządowego Yuu Tosaki, którego rozległe badania nad Ajinami dają mu przewagę taktyczną w walce z Satou, oraz asystentki Tosaki, Ajin Izumi Shimomura. Gdy jego frakcja nadal zbiera sojuszników, Kei ściga się z czasem, by powstrzymać krucjatę Satou, zanim ta doprowadzi do końca cywilizacji, jaką zna.