Hitomi Kanzaki to zwyczajna 15-letnia uczennica zainteresowana kartami tarota i wróżbami, ale pewnej nocy z nieba nagle pojawia się chłopiec o imieniu Van Fanel, towarzyszy mu okrutny smok. Dzięki przeczuciu Hitomi Vanowi udaje się zabić smoka, ale pojawia się filar światła, który otacza ich obu. W rezultacie Hitomi trafia do świata Gaea, tajemniczej krainy, w której Ziemia wisiała w niebie. W tym nowym kraju Hitomi szybko odkrywa, że Van jest księciem Królestwa Fanelia, które wkrótce staje się celem ataku ze strony złego imperium Zaibach. W próbie walki z nimi Van wsiada do starożytnego guymelefa swojej rodziny Escaflowne – zmechanizowanego pancerza bojowego – ale nie udaje mu się ich pokonać, a Fanelia zostaje zniszczona. Teraz na ucieczce, Hitomi i Van spotykają przystojnego rycerza z Asturii o imieniu Allen Schezar, którego Hitomi z szokiem odkrywa, że wygląda dokładnie jak jej ukochany z Ziemi. Dzięki nowym sojusznikom po ich stronie Van i Hitomi walczą z siłami Zaibach, podczas gdy imperium dąży do przywrócenia starożytnej mocy.